现有农学院、植物保护学院、资源与环境科学学院、园艺学院、动物科学技术学院（含渔业学院）、动物医学院、经济管理学院、公共管理学院（含土地管理学院）、理学院、人文社会科学学院、食品科学技术学院、工学院（含乡镇企业学院）、生命科学学院、信息科学技术学院、外国语学院、国际教育学院等16个学院和研究生院以及体育工作部。另设有金陵研究院、继续教育学院、中国新农村建设研究院、中华农业文明研究院、中央农业干部教育培训中心南农大分院等机构。
南京农业大学是教育部直属的全国重点大学，办学起源于1902年三江师范学堂农业博物科，其前身是私立金陵大学农学院和国立中央大学农学院。
1914年，私立金陵大学首设4年制农科，开中国四年制大学高等农业教育之先河，1930年，农科扩展成为金陵大学农学院；国立中央大学的前身原南京高等师范学校于1917年首设农科，1928年正式称国立中央大学农学院。
新中国成立以后，原私立金陵大学农学院改名为公立金陵大学农学院，原国立中央大学农学院改名为国立南京大学农学院。1952年6月，全国高校院系调整，上述两院合并，并调入浙江大学农学院部分系科，成立南京农学院，首任院长为著名小麦遗传育种专家金善宝院士。60年代初，被国务院确定为全国两所重点农业高校之一。1972年1月，学校迁址扬州，与当时的苏北农学院合并成立江苏农学院。1979年2月，经国务院批准，南京农学院在原址南京卫岗恢复办学，并列入农业部所属全国重点大学。1984年7月，经教育部批准，南京农学院改名为南京农业大学。1998年12月，南京农业大学正式进入全国“211 工程”重点建设的大学行列。2000年2月，由农业部划转教育部直接管理。
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